مهمترین چالش تولید علم بومی ـ اسلامی برای پاسخ به نیازها و چالش‌های پیش روی جامعه اسلامی در حوزه‌های مختلف از جمله مطالعات امنیتی بهعنوان یک دانش نوین، برخوداری از روش شناسی بومی است تا بتوان با تکیه بر آن، ضمن مراجعه به منابع دست اول و تجربیات گذشته، پاسخ قابل قبولی برای نیازها و چالشها عرضه نمود. روش‌شناسی حِکمی ـ اجتهادی یکی از الگوهای علمی در مطالعات علوم انسانی ـ اجتماعی برای تبیین و توصیف روشمند گفتمان و رفتار جامعه مطلوب از یکسو و تبیین و توصیف انسان یا پدیده‌های اجتماعی تحقق یافته (موجود) از سوی دیگر است. این روش‌شناسی بر سه ساحت اجتهادی نوع اول، دوم و سوم متکی است و بهطور همزمان از روش استدلالی ـ اجتهادی در کنار روش تجربی ـ تفسیری استفاده می‌کند. از منظر صاحب این قلم، روش‌شناسی حِکمی ـ اجتهادی دارای ماهیت بومی ـ اسلامی و نگرش راهبردی (کلاننگر، جامعهنگر و آیندهنگر) و یک الگوی قابل استفاده در مطالعات انسانی و پدیده‌های اجتماعی مانند مطالعات امنیتی بهعنوان دانش نوین و کمال نیافته ولی مورد نیاز جامعه اسلامی است. پژوهشگر برای ترسیم گفتمان امنیتی مطلوب (گفتمان امنیتی اسلامی مورد مطالعه)، در گام اول ضرورتاً از طریق مراجعه روشمند به منابع دست اول و معتبر، ساخت این گفتمان را استخراج مینماید. در گام دوم با استفاده از تکنیک‌های مرسوم پیمایشی (کیفی و کمی) دستاوردهای تحقق یافته زندگی اجتماعی و پدیده‌های مترتب برآن (مانند گفتمان امنیتی عرفی‌گرا) آن را استخراج، تبیین و توصیف نموده و در ادامه به تحلیل شکاف وضع موجود تا وضع مطلوب می‌پردازد.
)